Настройка приложений – профессиональная услуга по адаптации программных продуктов Atlassian к инфраструктуре заказчика. Например, JIRA, как и другие программы, настраивается один раз, после чего отслеживает ошибки выполнения бизнес-процессов автоматически. Производится настройка профиля пользователя, менеджера проекта и администратора JIRA, прав доступа и области видимости, эталонных сценариев рабочих процессов, проектов и задач, фильтров поиска, плагинов и др.